Das "System der Pflanzen" nimmt den zentralen Bereich des Botanischen Gartens Kiel ein. Hier sind die Blütenpflanzen entsprechend ihrer Verwandtschaft angepflanzt. So teilen sich nahe miteinander verwandte Pflanzenarten die mit Gehwegplatten umrandeten Beete. Die Pflasterungen zwischen den Beeten zeigen die Verwandtschaftslinien. So ergeben die vielen quadratischen und rechteckigen Beete in diesem Gartenteil einen Stammbaum der Pflanzen.